实验室是教育部组织高水平基础研究、聚集和培养优秀科技人才、开展高水平学术交流的重要基地，实行“开放、流动、竞争、协作”的运行机制，试行依托单位领导下的主任负责制。为规范实验室的管理，实验室制定了一系列管理办法，并适时修订。这些管理条例极大地提高了实验室运行效率，保证了实验室管理的科学化、民主化、制度化和规范化。

目前已完善了如下管理制度：

1）实验室管理总则

明确谱学分析与仪器教育部重点实验室依托厦门大学、是教育部组织高水平基础研究、聚集和培养优秀科技人才、开展高水平学术交流的重要基地。实验室实行“开放、流动、竞争、协作”的运行机制，试行依托单位领导下的主任负责制。

2）实验室组织管理条例

明确了在顾问委员会和学术委员会的监督指导下，通过全室固定人员会议、室务委员会会议和主任办公会议三个层次决策体系支撑的科学、民主、规范、有序的组织管理体系。规范了顾问委员会和学术委员会的职责和义务，规范了室务委员会和全体固定人员会议的定位和职责，明确了实验室主任、副主任的分工与职责以及研究人员、技术人员和办公室人员的工作职责，形成了实验室固定研究人员的聘任、考核与流动机制。

3）实验室管理条例

实验室是进行教学科研的重要基地，为确保实验室安全，防止人员伤亡事故，使国家财产免遭损失，并优化实验室环境，保证科研的正常进行，形成了实验安全管理规定、仪器管理条例、接待来访学者制度和优秀研究生奖励制度。

4）实验室运行经费管理条例

实验室运行经费主要分为教育部及依托单位拨款、各级政府部门和社会支持和捐赠资金以及自筹三部分。为规范管理，形成了运行经费使用制度、运行经费审批制度和开放课题管理条例。

5）科研论文标注暂行办法

实验室是教育部组织高水平基础研究、聚集和培养优秀科技人才、开展高水平学术交流的重要基地。为规范科研产出，完善形成了固定研究人员科研论文标注方法、开放课题成果标注方法、合作项目成果标注方法和客座研究人员成果标注方法。